La aparición de variantes más infecciosas del virus COVID-19 amenaza con retrasar la recuperación global y potencialmente frustrar la inmunidad de las vacunas actuales. Para ayudar a los gobiernos y las comunidades médicas a identificar y actuar más rápidamente sobre estas variantes, la Universidad de Oxford y Oracle han creado un sistema de análisis de patógenos global (GPAS) que combina la plataforma de patógenos escalable (SP3) de Oxford con Oracle Cloud Infrastructure (OCI). Esta iniciativa se basa en el trabajo de un consorcio financiado por Wellcome Trust, que incluye Public Health Wales, Cardiff University y Public Health England.
Esta nueva y poderosa herramienta permitirá a los científicos de salud pública en establecimientos de investigación, agencias, servicios de salud y compañías de diagnóstico de todo el mundo ayudar a comprender mejor las enfermedades infecciosas, comenzando con el Coronavirus, dijo Derrick Crook, profesor de microbiología en el Departamento de Nuffield de Medicina en la Universidad de Oxford.
“El Sistema Global de Análisis de Patógenos ayudará a establecer un estándar global común para recopilar y analizar este nuevo virus, así como otras amenazas microbianas que pueden afectar la salud pública. Esto agrega una nueva dimensión a nuestra capacidad para procesar datos de patógenos. Estamos entusiasmados de asociarnos con Oracle para continuar nuestra investigación utilizando esta plataforma de tecnología de vanguardia ”, agregó Crook.
Utilizado por primera vez para la tuberculosis, el SP3 se reutilizó para unificar, estandarizar, analizar y comparar datos de secuencia de SARS-CoV-2, produciendo secuencias genómicas anotadas e identificando nuevas variantes y aquellas de interés. La capacidad de procesamiento de SP3 se ha mejorado con un extenso trabajo de desarrollo de Oracle, lo que permite un alto rendimiento y seguridad, además de la disponibilidad mundial 24x7 del sistema SP3 en Oracle Cloud. El sistema SP3 ahora proporcionará resultados completos y estandarizados del análisis de COVID-19 minutos después del envío a escala internacional.
Los resultados se compartirán con países de todo el mundo en un entorno seguro. “La oportunidad de aplicar el examen sistemático de variantes genéticas a una variedad de patógenos tendrá grandes beneficios para la salud pública mundial. Este programa, con Oracle como socio, nos acerca un paso más a ese objetivo ”, dijo Sir John Bell, profesor de medicina de Regius en la Universidad de Oxford.
Gracias a las amplias capacidades de machine learning en Oracle Cloud, los científicos, investigadores y gobiernos colaboradores de todo el mundo pueden procesar, analizar, visualizar y actuar por primera vez sobre una amplia colección de datos de patógenos COVID- 19. Esto incluye la identificación de variantes de interés y su impacto potencial en la efectividad de la vacuna y el tratamiento. Por ejemplo, los paneles de análisis del sistema mostrarán qué cepas específicas se están propagando más rápido que otras y si las características genéticas contribuyen a aumentar la transmisibilidad y el escape de la vacuna. Oxford ya ha procesado la mitad de las secuencias de SARS-CoV-2 del mundo, más de 500.000 en total.
Existe una necesidad crítica de cooperación global en la secuenciación genómica y el examen de COVID-19 y otros patógenos;, dijo el presidente y director de tecnología de Oracle, Larry Ellison. El sistema SP3 mejorado establecerá un estándar global para recopilar y analizar datos de patógenos, lo que permitirá a los investigadores médicos comprender mejor el virus COVID-19 y otras amenazas microbianas para la salud pública.
El siguiente paso será extender este servicio a todos los patógenos y, al mismo tiempo, colaborar con científicos de centros de investigación, agencias de salud pública y empresas privadas para garantizar que este trabajo pueda informar la toma de decisiones sobre las estrategias de respuesta a una pandemia en todo el mundo.
La plataforma será gratuita para que los investigadores y las organizaciones sin fines de lucro la utilicen en todo el mundo.
